Mario se enfrenta contra Bowser dentro de su nave. El villano ya estaba vestido y preparado para casarse con la Princesa Peach (a quien ya la tenía secuestrada). Después de una fuerte pelea, Bowser le lanza su sombrero a Mario para tirarlo de la nave (el primer golpe solo le tira el gorro a Mario, pero luego el sombrero regresa con efecto boomerang, y logra tirarlo de la nave). Después Bowser pisotea el gorro que se le había caído a Mario y se va del Reino Champiñón con la princesa, permitiendo que las hélices de su nave trituren el gorro. La escena termina con un pequeño fantasma con forma de sombrero atrapando un pedazo del gorro que lleva la letra "M" de Mario, y mirando la nave de Bowser alejándose. Al ser golpeado por el sombrero de Bowser, Mario aterriza en un campo sombrío y queda inconsciente. Luego, Cappy, baja para ver si el fontanero está vivo o no. Cuando Mario despierta de un salto, Cappy se asusta y huye. Y Mario lo persigue hasta llegar a un pueblo conocido como Villa Chistera. Ahí Cappy sale de su escondite, se disculpa con Mario por salir corriendo. Este le dice que el "esperpento" (Bowser) atacó su reino, descompuso todas sus naves voladoras y se llevó a su hermanita, Tiara. Cappy también le pide a Mario a aliarse con él para perseguir a Bowser y rescatar a las damas. Pero primero deben ir al reino vecino para encontrar una nave que está ahí, y para llegar allá tendrán que subir la Torre Chistera. Aquí Cappy, con el pedazo de gorro que tenía, se convierte en el nuevo gorro de Mario y le enseña a lanzarlo como boommerang. Dentro de la torre, Cappy también le enseña a Mario a capturar seres (que consiste en lanzar el gorro a un ser y de ahí, Mario se transforma en él), en este caso a una rana. Ahí Mario usa a la rana para saltar hacia los altos peldaños y llegar a la cima de la torre. Una vez allí, Mario y Cappy se topan con una pandilla de conejos conocida como los Broodals, quienes dicen que "se encargan de hacer feliz a la pareja (Bowser y Peach)". De ahi, Mario se enfrenta con Topper Broodal, quien tiene tres sombreros verdes sobre su cabeza. Mario lo golpea con Cappy varias veces hasta dejarlo sin sombreros, para luego, caerle sobre su cabeza (dos veces). Despues de vencer a Topper, Mario encuentra un poste de luz que, si lo captura, podrá desplazarse por los cables. Y en este caso, Mario y Cappy viajan por el cable que los llevaría al reino vecino: el Reino de las Cataratas, dónde encontrarían la Odyssey, una nave alimentada por energilunas que te permite viajar a los diferentes reinos del juego a través de la historia y después de haberla terminada.
