El juego comienza con un Link que ha perdido la memoria, y que despierta en un misterioso santuario, sin saber cómo ni por qué ha acabado ahí. La única pista sobre su pasado se la dará una voz que le sugiere que coja un extraño aparato parecido a un móvil que se llama piedra Sheikah. Con esta misteriosa piedra, link puede abrir ciertas puertas. Al salir del santuario de la vida, se encuentra a un misterioso anciano, que le habla un poco y se despide. De repente, la misma voz misteriosa de antes le encomienda a Link que que vaya hacia un punto del mapa todavía en blanco, que se puede observar en la piedra Sheikah. Al llegar a ese punto, conecta la piedra con un artilugio escondido entre rocas. Al poner la piedra Sheikah en él, se levantan torres en todo el mapa, cuya utilidad es revelar una parte del mapa al llegar a su cúspide y colocar la piedra Sheikah en un aparato. Al descender de la torre, el anciano aparece volando en una especie de paracaídas llamado paravela. Cuando Link le pide al anciano que se la dé, con el fin de ayudarle en su aventura, el anciano le acerca a una estructura llamada santuario, y le dice que en cada santuario de encuentra un tesoro. En la meseta hay 4 santuarios, y en cada uno de ellos se obtiene un módulo para la piedra Sheikah (aunque en el resto del mapa hay 120 santuarios, y aunque en cada uno de ellos se otorga un símbolo de valía, solo los cuatro de la meseta dan módulos) Los módulos son utilidades de la piedra sheikah, como pueden ser la capacidad de crear bombas, hacer fotografías, e incluso paralizar enemigos temporalmente. Una vez completado un santuario, se obtiene un símbolo de valía, una esfera que se almacena en la alforja. Tras conseguir cuatro, el anciano nos dice que vayamos hacia el Templo del Tiempo, en el cual revela su identidad: El espíritu del Rey de Hyrule. Entonces le cuenta al jugador lo que ha pasado, le dice que vaya a hablar con Impa y le da la misión de acabar con el malvado Ganon el Cataclismo, un ser maligno que aparece desde tiempos inmemoriales, y responsable de la destrucción que asoló el reino de hace mucho tiempo. En su aventura, Link recuperará sus memorias perdidas, e irá descubriendo qué fue lo que realmente ocurrió hace 100 años4 mediante 13 recuerdos dispersados por el mapa.
